ピロリ菌(ヘリコバクター・ピロリ菌/H.pylori)は、強い酸性の胃酸がある胃に生息できる細菌です。胃酸は口から入ってきた細菌を殺菌するほど強い酸性の液体ですが、胃粘膜に住み着いたピロリ菌は強いアルカリ性のアンモニアを分泌して周囲を中和させて生息しています。ピロリ菌はアンモニアなどの毒素を分泌し、それによって胃粘膜が繰り返し傷付いて慢性的に炎症を起こし、慢性胃炎や潰瘍、そして将来的には胃がんは発症につながります。
ピロリ菌の感染は胃酸や免疫力が弱い幼少期に起こるとされています。はっきりとした感染経路はわかっていませんが、汚染された井戸水の他、ヒトからヒトへの感染もあると考えられています。ご家族がピロリ菌に感染していたり胃がんになった方がいる場合、ピロリ菌に感染している可能性が高くなります。

ピロリ菌は胃粘膜に慢性的な炎症を起こし、炎症を繰り返して胃粘膜が萎縮してしまうと、胃がんリスクが上昇します。萎縮した胃粘膜は、腸上皮化生を起こして腸の細胞に変化していき、そのうちピロリ菌も生息できない環境になってしまいます。腸上皮化生は胃がんリスクがとても高い状態ですが、ピロリ菌感染検査で陰性になってしまうこともあるため必ず内視鏡検査で粘膜の状態を確かめることが不可欠です。

ピロリ菌感染は胃酸がまだ弱く、免疫力も低い幼少期に起こるとされています。井戸水などピロリ菌に汚染された生水による感染が多いとされているため、先進国では感染率が低い傾向があります。日本も衛生状態の改善でピロリ菌感染率は年々低下傾向にありますが、幼少期のピロリ菌陽性家族からの口移しや食器の共通などで感染もあるといわれており、なるべく早期にピロリ菌感染を診断することが重要です。

除菌治療は薬剤を1週間服用するだけです。服用するのは、2種類の抗生剤と胃酸分泌を抑制するプロトンポンプ阻害剤です。以前は、除菌治療は必ず成功するというものではなかったのですが、最近は強力なプロトンポンプ阻害薬の登場で初回の除菌（一次除菌）の成功率は90％に上昇しました。初回治療で失敗した場合には2回目の除菌治療（二次除菌）が保険診療で可能であり、1回目と２回目の除菌治療を合わせて約99％が除菌に成功するといわれています。初回治療ではアモキシシリンとクラリスロマイシンという抗生剤を用いますが、2回目の治療ではクラリスロマイシンをフラジールという薬剤に変更します。
除菌治療では、薬の服用後に成功判定を行います。服用終了から6週間以上経過しないと正確な診断ができないため、服用後2か月したら再診し尿素呼気試験法（吐いた息を回収する検査）で除菌の効果判定を行います。 除菌に成功した場合、炎症や潰瘍などの再発率が大幅に減少し、胃がん発症リスクも低下します。
なお、抗生剤の薬剤アレルギーがある場合には、除菌をせずに経過観察するか、抗生剤を変更して自費による除菌療法を受けて頂く場合もあります。